Убедитесь, что выключили Affect Pivot Only когда закончите настраивать pivot точку. Иначе, Вы могли бы преобразовывать pivot точку, когда Вы действительно намеревались преобразовать объект непосредственно.
Вы можете также использовать инструмент 
Align (Выровнять), когда включен Affect Pivot Only. Это — очень эффективный способ выровнять центр одного объекта по другому. Вы будете использовать эту методику часто, когда Вы подстраиваете спинной хребет.